- Exame Hunter
Saga inicial do Mangá apresenta seus protagonistas e segue até a fim do exame Hunter. São apresentados os protagonistas e outros personagens importantes para a série. Essa é a saga mais importante do anime por resumir tudo os objetivos de Gon, Killua, Leorio e Kurapika e quem vira hunter(caçador) um dos objetivos do personagem principal Gon.
- Família Zaoldyeck
É a segunda saga do anime e do mangá, tem início no fim do exame Hunter, quando Killua, após não passar no teste, voltou para sua casa. Dessa maneira Gon, Kurapika e Leório vão até a casa dele, a fim de fazê-lo voltar com eles, e depois de enfrentarem alguns perigos, ou seja, uma fera enorme e os funcionários da mansão, que mentiram ao dizer que estava brincando com eles, conseguiram sair com Killua.
- Arena Celestial ou Torre Celestial
Saga onde Gon e Killua participam de um torneio para conseguirem dinheiro, na Torre Celestial, sendo que quanto mais andares subirem na torre, mais dinheiro conseguirá, e, para poderem subir de andar, precisam enfrentar inimigos em lutas. Eles sobem até que chegam a um ponto onde precisam aprender a usar o Nen, para poderem passar de uma barreira colocada por Hisoka, que os impedia de entrar no andar, após aprenderem o Nen, entrarem no andar, e lutarem mais algumas vezes, eles saem da torre.
- York Shin
Saga onde Gon e Killua reencontram Kurapika e Leorio, e ajudam Kurapika em sua vingança contra o grupo Genei Ryodan (mais conhecida como Aranha), com o objetivo de conseguirem as recompensas pelas cabeças dos integrantes, a fim de comprarem o jogo Greed Island. No fim da saga, Kurapika consegue desarmar a Aranha usando uma das suas correntes, que proíbe o Líder de usar o Nen, desestruturando, pelo menos temporariamente, a Aranha. Gon e Killua afinal não conseguem o dinheiro para comprar o jogo, porém, conseguem jogá-lo por falarem com o dono de uma das cópias do mesmo, o senhor Battera.
- Greed Island - O Jogo
Nesta saga, Gon e Killua chegam ao jogo criado pelo pai de Gon, e conhecem Biscuit Krueger, uma hunter que é mestra do mestre deles (Wing). Eles recebem treinamento de Biscuit e elevam muito seus poderes, aproveitando-se também da estrutura do jogo, que aparentemente foi criada justamente para fortalecer Gon. Com isso, deixam de ser meros conhecedores do Nen e começam a criar seus próprios ataques especiais. Enfrentam como inimigo principal o Boomber, conseguindo vencê-lo com uma armadilha. Ao final, Gon pensa que obteve o meio para se encontrar com seu pai, mas acaba sendo levado à Kaito.
- Chimera Ants
Saga onde surge uma versão gigante de uma suposta raça de formigas, as Chimeras Ants, que podem ter filhos "evoluídos", mesclando seu DNA com o dos seres que comem. As Chimeras Ants descobrem que os humanos são uma excelente fonte de alimentos para eles, e sua existência se transforma numa ameaça à raça humana. Gon e Killua inicialmente não se mostram páreo para os guerreiros mais fortes da raça Chimera Ants, e treinam mais para poder lutar. Nesse ínterim, surge o Presidente da associação de Hunters, Netero; o avô de Killua, Zeno Zaoldyeck; e até mesmo o Genei Ryodan, que começa a mostrar seus poderes secretos. A rainha das Chimeras Ants dá à luz um rei superpoderoso, ao qual aparentemente nem os mais poderosos usuários de Nen podem derrotar. Recentemente foi mostrado que nem mesmo Netero podia com o rei das formigas, pois esse se sacrificou para tentar derrotá-lo, a luta foi um empate porém dois guerreiros da guarda real acabaram ajudando o rei a se restabelecer, pois este antes estava mortalmente ferido, terminando assim a participação de Netero na série. Gon entra em uma disputa com Pitou, e se sacrifica fazendo Condições e Juramento para atinge um poder incomparável, ele mata Pitou mas como efeito colateral de sua maturidade "prematura" Gon nao é capaz de voltar ao normal. Meruem(Rei), Yupi e Pufu entram em uma aposta, na qual o rei deveria encontrar os intrusos restantes(Palm e Takoyaki) usando seu En apenas uma vez, enquanto Pufu e Yupi deveriam resgatar Pitou, e caso o rei ganhasse a aposta Pufu e Yupi seriao obrigados a contar ao Rei sobre a Komugi, dá qual ele nao tinha lembranças. Meruem lembra de Komugi e que existem bons humanos e que esta numa batalha sem sentido, descobre que esta morrendo e decide passar seu tempo restante jogando Gun-gi com Komugi. Yupi, Pufu e Meruem morrem intoxicados pela Miniature
